環(huán)境科學(xué)高級(jí)建模方法Gaussian查找數(shù)據(jù),內(nèi) 容 提 要,繪制構(gòu)型,高斯計(jì)算,數(shù)據(jù)查找,C,p,計(jì)算,建模,數(shù)據(jù)查找,以1，2-PCPT為例，用GaussView程序打開高斯輸出文件12.out,查看有無異常，如,圖5,。防止優(yōu)化過程中，因初始構(gòu)型不正確，變化成為其它結(jié)構(gòu)。,一.查錯(cuò),數(shù)據(jù)查找,A.用記事本打開12.out,查找，關(guān)鍵詞exact,看,圖6,所示數(shù)據(jù)是否大于零，否則需重新優(yōu)化計(jì)算。,因?yàn)閮?yōu)化穩(wěn)定構(gòu)型時(shí)，不應(yīng)該出現(xiàn)負(fù)頻。,二.查找數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)查找,B.查找關(guān)鍵詞freq三次后,查找關(guān)鍵詞scf,得到E值，如,圖7,，復(fù)制數(shù)據(jù)填入表格相應(yīng)位置，見,圖8,。,二.查找數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)查找,往下拖動(dòng)頁面，應(yīng)次得到：,Ehomo:位于Alpha occ行最后一個(gè)數(shù)據(jù)，見,圖9,。,Elumo：位于Alpha virt行第一個(gè)數(shù)據(jù)，見,圖10,.,在Mulliken atomic charges下面，找取最負(fù)電荷，即q-,和氫電荷中最正的，即qH+,見,圖11,u:Dipole moment行，選tot值，如,圖12,:Exact polarizability行選第1、第3和第6個(gè)數(shù)據(jù)，取平均值,如,圖13,二.查找數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)查找,C.查找關(guān)鍵詞zero,如,圖14,所示，即為ZPE值。,如,圖15,，Sum of electronic and thermal Enthalpies后為H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后為G值。,如,圖16,所示，tot行對(duì)應(yīng)著Eth、Cv、S值。,二.查找數(shù)據(jù),數(shù)據(jù)查找,D.查找關(guān)鍵詞Mol,區(qū)分大小寫，如,圖17,所示，取cm*3/mol為單位的數(shù)值，類似查找10，取平均值，即為V.,二.查找數(shù)據(jù),C,p,計(jì)算,將高斯計(jì)算得到的輸出文件(如12.out)opt freq至freq之間的內(nèi)容刪除后保存即可。,一.輸入文件制作,C,p,計(jì)算,把,C,P,計(jì)算程序,Thermo3.exe放在與剛才保存的文件同一目錄下，而后打開所有程序附件命令提示符，輸入DOS指令CD 來更改目錄至,C,P,計(jì)算程序,Thermo3.exe所在目錄下，輸入：thermo3 12.out,確認(rèn)后出現(xiàn)“scale factor for frequency=?”,輸入0.95，確認(rèn)后得到,C,P,計(jì)算輸出文件,THERMO.OUT,，更改文件名為12,THERMO.OUT即可。,二.,C,P,計(jì)算,建模,用SPSS 12.0 for windows打開前面數(shù)據(jù)查找所得的Excel表格，得到如,圖18,所示界面。在工具欄中選擇AnalyzeRegressionlinear,如,圖19,，選擇相應(yīng)的自變量和因變量，采用Stepwise方法即可得到相關(guān)方程，如,圖20,和,圖21,。,2D-QSAR方法,活性數(shù)據(jù),分子結(jié)構(gòu)、熱力學(xué)參數(shù),實(shí)驗(yàn)方法,Gaussian 03W,DFT,方法,建立模型,預(yù)測(cè)相關(guān)活性,SPSS 12.0 for Windows,交叉驗(yàn)證,F,檢驗(yàn),VIF,評(píng)價(jià),2D-QSAR基本原理,課程作業(yè)內(nèi)容及要求：,1、查找文獻(xiàn)，選擇一個(gè)系列的化合物及相關(guān),性質(zhì),?；衔锏膫€(gè)數(shù)盡量在15-20個(gè)以上，但不能少于10個(gè)。,2、根據(jù)化合物分子的大小確定計(jì)算的基組和方法。通常，計(jì)算方法采用,B3LYP,。,3、首先用Chemdraw 程序繪制化合物分子的平面構(gòu)型，保存上述文件格式為*.cdx。采用Chem3D 程序打開*.cdx文件，得到化合物分子的立體構(gòu)型，保存上述文件格式為*.gjc，用記事本方式打開文件*.gjc,得到化合物的空間坐標(biāo)，加上Link 0部分、限定多核計(jì)算、計(jì)算執(zhí)行路徑部分。,4、采用Gaussian03程序分別優(yōu)化計(jì)算系列化合物各分子，查找分子的結(jié)構(gòu)、熱力學(xué)參數(shù)數(shù)據(jù)。,5、采用SPSS程序建模，并對(duì)模型進(jìn)行驗(yàn)證。,6、再采用上述計(jì)算方法，計(jì)算與本系列結(jié)構(gòu)相近的、但沒有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的5個(gè)分子的結(jié)構(gòu)，采用步驟5中得到的模型預(yù)測(cè)這5個(gè)分子的,性質(zhì),。,課程作業(yè)時(shí)間及格式要求：,1、12月1日布置。,2、12月8日檢查查找的系列化合物和性質(zhì)。,3、12月15日計(jì)算中遇到的問題答疑。,4、12月29日-元月5日提交作業(yè)。,5、作業(yè)的文件名：姓名-學(xué)號(hào)-建模課程作業(yè),6、作業(yè)的內(nèi)容，參照科技論文的寫作格式：前言（研究的性質(zhì)的意義），化合物名稱，計(jì)算方法，參數(shù)，建模及驗(yàn)證，預(yù)測(cè)，結(jié)論，參考文獻(xiàn)。,7、,非環(huán)化和環(huán)生專業(yè)的同學(xué)，只要計(jì)算一個(gè)與本專業(yè)相關(guān)的、C原子數(shù)目大于10的分子，發(fā)送OUT文檔。,謝謝！,